La BCCT tiene Convenio de Préstamo Interbibliotecario con las siguientes Bibliotecas:
- Biblioteca - Manuel Orozco y Berra- DEH-INAH
- Biblioteca Central
- Biblioteca de la Comisión Nacional de Bioética
- Biblioteca del INAH Arqueólogo José Luis Lorenzo Bautista
- Biblioteca Vasconcelos
- C.C.H. Plantel Oriente
- C.C.H. Plantel Sur
- CENAVECE Epidemiologia
- Centro de Ciencias Aplicadas y Desarrollo Tecnológico - CCADET
- Centro de Enseñanza de Lenguas Extranjeras, CELE
- Centro de información de la industria de la construcción, CMIC
- Centro de Investigación en Biotecnología Aplicada, CIBA, TLAXCALA - IPN
- Centro de Investigación en Computación, CIC - IPN
- Centro de Investigación en Energía, CIE
- Centro de Investigación en Geografía y Geomántica - Centro GEO
- Centro de Investigaciones en Ecosistemas
- Centro de Investigaciones en Geografía Ambiental CIGA
- Centro de Investigaciones Interdisciplinarias en Ciencias y Humanidades. CIICH
- Centro de Investigaciones sobre América del Norte, CISAN
- Centro de Investigaciones sobre América Latina y el Caribe, CIALC
- Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social; CIESAS
- Centro Interdisciplinario de Investigaciones y Estudios sobre el Medio Ambiente- CIIEMAD
- Centro Nacional de Metrología - CENAM
- Centro Nacional de Prevención de Desastres - CENAPRED
- CEPAL - Naciones Unidas -
- CICATA - LEGARIA - IPN
- CIESAS
- CIMMYT
- CINVESTAV. Biblioteca de Física, Matemáticas y Matemática Educativa
- CINVESTAV. Coordinación General de Servicios Bibliográficos
- CINVESTAV. Sección de Metodología y Teoría de la Ciencia
- Colegio de Postgraduados
- Comisión Nacional de Bioética (CONBIOETICA)
- CONABIO
- CONAGUA- Gerencia de aguas subterráneas
- Coordinación de Universidad Abierta y Educación a Distancia. CUAED
- Coordinación General de Estudios de Posgrado, CEP
- Dir. Gral. De Act. Deportivas y Recreación
- Dirección de Bibliotecas de la Universidad de las Américas Puebla
- Dirección General Adjunta de Oceanografía, Hidrografía y Meteorología. Secretaria de Marina
- Dirección General de Actividades Deportivas y Recreativas
- Dirección General de Bibliotecas. Depto. de Información y Servicios Documentales
- Dirección General de Computo y de Tecnologías de Información y Comunicación,
- Dirección General de Desarrollo Minero CGMINERA
- Dirección General de Divulgación de la Ciencia
- Escuela Libre de Derecho
- Escuela Nacional de Antropología e Historia, ENAH
- Escuela Nacional de Artes Plásticas – Xochimilco
- Escuela Nacional de Trabajo Social
- Escuela Superior de Ingeniería y Arq. Unidad Ticomán. IPN
- Facultad de Arquitectura "Lino Picaseno"
- Facultad de Arquitectura. Centro de Investigaciones y Estudios de Posgrado de Arquitectura - Biblioteca Luis Unikel
- Facultad de Ciencias - Posgrado
- Facultad de Ciencias - Profesionales
- Facultad de Ciencias Políticas y Sociales
- Facultad de Contaduría y Administración “Alfredo Adam Adam - Licenciatura
- Facultad de Contaduría y Administración “Wilfrido Castillo Miranda” Posgrado
- Facultad de Derecho. Biblioteca Antonio Caso
- Facultad de Economía
- Facultad de Economía – Posgrado – Biblioteca Ramón Ramírez Gómez
- Facultad de Estudios Superiores Acatlán
- Facultad de Estudios Superiores Aragón
- Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán –Cam. 4
- Facultad de Estudios Superiores Iztacala
- Facultad de Estudios Superiores Zaragoza – Cam. 2
- Facultad de Filosofía y Letras
- Facultad de Ingeniería. Biblioteca “Dr. Enzo Levy” –Estudios de Posgrado-
- Facultad de Ingeniería. Biblioteca “Enrique Rivero Borrel” - División de Estudios Profesionales (Anexo)-
- Facultad de Ingeniería. Biblioteca “Ing. Antonio Dovali Jaime”
- Facultad de Medicina
- Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia- "M. V. José de la Luz Gómez"
- Facultad de Psicología - División de Estudios de Posgrado. Biblioteca "Dr. Rogelio Díaz Guerrero"
- Facultad de Psicología – División de Estudios Profesionales -
- Facultad de Química - Edificio "B" (División de Estudios de Posgrado)
- Facultad de Química - Edificio "D” (División de Estudios de Profesionales, ANEXO)
- Facultad de Química - Edificio "E” (División de Estudios de Posgrado, ANEXO)
- Facultad de Química – Edificio “A”
- Facultad de Química - Hemeroteca
- FLACSO – Biblioteca Iberoamericana-
- Gerencia de Estudios de Ingeniería Civil
- Gerencia de Protección Ambiental - CFE
- Instituto de Astronomía
- Instituto de Biología
- Instituto de Ciencias Físicas
- Instituto de Ciencias Nucleares
- Instituto de Ecología
- Instituto de Física
- Instituto de Fisiología Celular
- Instituto de Geografía
- Instituto de Ingeniería. Unidad de Servicios de Información
- Instituto de Investigaciones Antropológicas
- Instituto de Investigaciones Bibliotecológicas y de la Información, IIBI
- Instituto de Investigaciones Biomédicas
- Instituto de Investigaciones Económicas
- Instituto de Investigaciones Eléctricas
- Instituto de Investigaciones en Matemáticas Aplicadas en Sistemas
- Instituto de Investigaciones en Materiales
- Instituto de Investigaciones Estéticas
- Instituto de Investigaciones Filológicas
- Instituto de Investigaciones Filosóficas
- Instituto de Investigaciones Históricas
- Instituto de Investigaciones Jurídicas - Biblioteca "Jorge Carpizo"
- Instituto de Investigaciones sobre la Universidad y la Educación, ISSUE
- Instituto de Investigaciones Sociales
- Instituto de Matemáticas
- Instituto de Química
- Instituto Mexicano de Petróleo, IMP
- Instituto Mexicano de Tecnología del Agua, IMTA
- Instituto Nacional de Investigaciones Nucleares, ININ
- Instituto Tecnológico Autónomo de México, ITAM
- Instituto Tecnológico Monterrey de Estudios Superiores. Ciudad de México
- Instituto Tecnológico Monterrey de Estudios Superiores. Estado de México
- PEMEX
- Procuraduría Ambiental y del Ordenamiento Territorial del D. F. – PAOT -
- Secretaría de Medio Ambiente, Sistemas de Aguas de la Ciudad de México
- SEMARNAT – PROFEPA-
- Servicio Geológico Mexicano
- TRIFE. Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación. Centro de Documentación de la Sala Superior
- UAM. Azcapotzalco
- UAM. Cuajimalpa
- UAM. Iztapalapa
- UAM. Xochimilco
- Unidad Académica de El Carmen – ICMyL
- Unidad Académica ERNO – Instituto de Geología
- Unidad Académica Juriquilla, Qro. – Centro de Geosciencias -
- Unidad Académica Mazatlán – ICMyL -
- Unidad Académica Puerto Morelos – ICMyL -
- Universidad Anáhuac del Norte
- Universidad de las Américas Puebla
- Universidad del Mar
- Universidad Iberoamericana
- Universidad La Salle
- Universidad Pedagógica Nacional